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보건환경연구소는 국민보건에 관한 과학적 연구와 계몽을 통한 국민보건 향상에 기여하기 위하여 1966년 8월 30일 서울대학교 규정 규칙 제58호로 설립되었다.
본 연구소는 보건전반에 관한 연구와 조사통계 및 연구결과의 보급향상에 관한 업무를 수행한다. 연구소의 조직은 소장, 부소장과 함께 관리부서(운영위원회, 편집위원회, 연구지원부)와 연구부서(연구센터, 연구사업단)로 구성되어 있다.
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